پژوهشکده مهندسی حمل و نقل دانشگاه صنعتی اصفهان با مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از زمستان سال ۱۳۹۱ شروع به فعالیت نموده است. گروه های پژوهشی این پژوهشکده عبارتند از: گروه پژوهشی برنامه ریزی سیستم های حمل و نقل، گروه پژوهشی زیر ساخت های حمل و نقل، و گروه پژوهشی خودروهای ریلی.