دانشکده مهندسی حمل‌ونقل جوان‌ترین دانشکده‌ی دانشگاه صنعتی اصفهان است. از سال هزار و سیصد و نود و دو پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد رشته برنامه‌ریزی حمل‌ونقل در این دانشکده آغاز شده است. جذب اعضاء هیأت علمی شایسته و دانشجویان علاقمند و تلاش‌گر همچنان در اولویت کاری این دانشکده قرار دارد. هدف اصلی دانشکده، فعالیت علمی برای فراهم آوردن سامانه‌های حمل‌ونقل کارآمد، ایمن، پاک، قابل اطمینان و تاب‌آور است.
مأموریت‌های این دانشکده شامل سه بعد آموزشی-تربیتی، پژوهشی، و اجتماعی-محیطی است. در بعد آموزش-تربیتی، هدف تربیت نیروی انسانی دانا، ماهر، نوآور، و درستکار است. در بعد پژوهشی، تولید علم و نیز بکار بردن روش‌های علمی برای حل مسائل حمل‌ونقلی کشور مورد نظر است. در بعد اجتماعی-محیطی، تعامل سازنده با مدیریت‌های حمل‌ونقل در مقیاس ملی و شهری و بخش خصوصی فعال مورد نظر است. هدف از این تعامل، ایجاد فایده برای اجتماع (کمک به تثبیت رویکرد دانش‌مبنا در امور اجرائی) و دانشگاه (تلفیق واقعیات عملی و نگاه کلان با نگاه موشکاف دانشگاهی) است.
محورهای اصلی فعالیت علمی دانشکده شامل توسعه پایدار، ترانزیت، تندرستی (ایمنی و ارگونومی)، تاب‌آوری سامانه‌ها، تکنولوژی آینده، و انرژی‌های پاک بوده است. دانشکده در حال برنامه‌ریزی برای تعمیق و تقویت علمی از طریق گسترش رشته‌های خود در زمینه برنامه‌ریزی شهری و منطقه‌ای و نیز حمل‌ونقل ریلی است.
اعضاء هیأت علمی دانشکده اهتمام ویژه‌ای به انجام پژوهش‌های کاربردی داشته و ده‌ها طرح پژوهشی را در موضوعات مختلف حمل‌ونقل مسافر و کالا و در ابعاد ملی، استانی و شهری انجام داده‌اند. کارفرمای این طرح‌ها مؤسسات متعددی شامل وزارت راه و شهرسازی، شرکت راه‌آهن جمهوری اسلامی، شهرداری‌های کلان‌شهرها، مرکز پخش فرآورده‌های نفتی، و برخی از شرکت‌های حمل‌ونقل بخش خصوصی بوده‌اند.