دانشکده مهندسی حمل‌ونقل جوان‌ترین دانشکده‌ی دانشگاه صنعتی اصفهان است. از سال هزار و سیصد و نود و دو پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد رشته برنامه‌ریزی حمل‌ونقل در این دانشکده آغاز شده است.